מערכת החינוך הפורמאלית במועצה כוללת חמישה בתי ספר:
ניצני הנגב בבית קמה
יובלי הנגב בגבעות בר
נווה במדבר בחצרים
תלמוד תורה ובית הספר לבנות בשומריה
מבואות הנגב בשובל
חלק מבני הנוער לומדים בבית הספר אשל הנשיא ובתיכונים אחרים באזור.
פרוייקט "זורעים נתינה" של ביה"ס "מבואות הנגב" זכה במקום השני בפרס החינוך של ארגון המורים העל יסודיים לשנה"ל תשע"ו עבור יוזמה חינוכית כתרומה לקהילה. הפרויקט נוסד בשנת 2009 במסגרת תכנית מעורבות חברתית, קהילתית ואזרחית על ידי יפית סביר, הרכזת החברתית. הפרויקט מיועד לתלמידי כיתות ח' והוא מתפתח משנה לשנה.
במסגרת הפרויקט תורמים ילדי ביה"ס תוצרת חקלאית שהם מגדלים לנזקקים. פרויקט זה משלב מספר ערכים חשובים: עזרה ונתינה לזולת , תרומה לקהילה, חינוך סביבתי, חקלאות וקיימות.
הפרויקט הוקם מתוך ראיה חברתית ערכית ולימודית שבו משולבים עזרה ותרומה למשפחות נזקקות, עבודת כפיים (חקלאות) שמירה ופיתוח נוף ביה"ס, לימוד חקלאות ושמירה על הסביבה.
