מערכת החינוך הפורמאלית במועצה כוללת תשעה בתי ספר:
בתי ספר יסודיים
ניצני הנגב בבית קמה – אתר | פייסבוק
יובלי הנגב בגבעות בר – אתר | פייסבוק
נווה במדבר בחצרים – אתר | פייסבוק
תלמוד תורה ובית הספר לבנות בשומריה
בית הספר על יסודיים
חטיבת ביניים ותיכון מבואות הנגב בשובל – אתר | פייסבוק
בית הספר לחינוך מיוחד בקמפוס מבואות הנגב
ישיבת שומריה לבנים
חלק מבני הנוער לומדים בבית הספר אשל הנשיא ובתיכונים אחרים באזור.
